Moją główną domeną jest xyz.edu.pl, która została podłączona do googleapps. Czy  IP i konto SMTP lepiej podłączyć pod tą domenę czy też inną np.: xyz.email?

EmailLabs jest to zewnętrzna infrastruktura (SMTP) którą integruje się ze swoim systemem wysyłkowym, a nie z domeną. Po dokonaniu integracji w swoim systemie może ustawić dowolną domenę, z której będzie realizowana wysyłka. Nie trzeba jej wówczas dodatkowo integrować z EmailLabs.